Los vuelos «ambulancia» son vuelos destinados al traslado de órganos y equipos médicos con objeto de realizar trasplantes. También engloban los vuelos «hospital», que trasladan a pacientes; vuelos «trasplante», que transportan órganos, y vuelos en los que se trasladan equipos sanitarios.
La mayor concentración de estos vuelos ambulancia se da en aeropuertos insulares: los aeropuertos de Canarias y Baleares organizaron algo más del 44% del global de los vuelos de estas características en todo el país.
Los aeropuertos de Ibiza, Menorca y Palma de Mallorca, contabilizaron cerca de 2.550 vuelos, principalmente entre las propias islas. Canarias gestionó algo más de 3.140 vuelos, y Melilla cerca de 620 operaciones, en gran parte aeronaves medicalizadas con el fin del traslado de enfermos.
El Aeropuerto de Málaga-Costa del Sol destaca por la elevada cifra de operaciones realizadas, casi 1.000 vuelos ambulancia durante 2015.
Otros aeropuertos que destacan por su alto número de operaciones ambulancia son los Aeropuertos de Córdoba, el Adolfo Suárez Madrid-Barajas y Barcelona-El Prat, con 597, 509 y 804 vuelos ambulancia respectivamente.
En caso de emergencia, Aena colabora con la Organización Nacional de Trasplantes (ONT) en base al acuerdo alcanzado hace algunos años. Así, entre otras medidas adoptadas, se acordó la prolongación del horario operativo e incluso apertura de aquellos aeropuertos de la red de Aena que no están operativos las 24 horas del día.
A estos más de trece mil vuelos que han sido específicamente programados para estas operaciones de traslados de órganos y personal, hay que añadir aquellos vuelos regulares en los que se colabora con una aerolínea para realizar la gestión.