Las operaciones llevadas a cabo en el contexto de vuelos «ambulancia», es decir, llegadas y salidas de vuelos destinados al traslado de órganos y equipos médicos con objeto de realizar trasplantes, en el aeropuerto de Barcelona El Prat alcanzó la cifra de 804 vuelos durante el año 2015.
Los otros dos aeropuertos catalanes, el aeropuerto de Girona-Costa Brava y el de Reus también contribuyeron con 123 y 86 vuelos respectivamente.
Los vuelos ambulancia también engloban los vuelos «hospital», que trasladan a pacientes; vuelos «trasplante», que transportan órganos, y vuelos en los que se trasladan equipos sanitarios.
En caso de emergencia, Aena colabora con la Organización Catalana de Trasplantes y la Organización Nacional de Trasplantes (ONT) en base al acuerdo alcanzado hace algunos años. Así, entre otras medidas adoptadas, se acordó la prolongación del horario operativo e incluso apertura de aquellos aeropuertos de la red de Aena que no están operativos las 24 horas del día.